美国海军排水量3250吨的科学研究船“托马斯”号（T-AGOR-23），现停靠于高雄港9号码头。台湾地区防务主管部门负责人严德发次日表示，“托马斯”号科学研究船，由美国华盛顿大学使用，是民间性质的学术研究，跟军方无关。

10月15日上午，美国海军研究办公室研究船“托马斯”号进高雄港补给。台湾港务公司高雄分公司指出，这艘研究船此次驶入高雄港，目的是要补给加水、生活日常用品，还有船员替换等，并没有其他行为。科研船停靠大约3天，18日早上6时将驶离高雄港。通常船员替换是因为该员休假、约期期满，或是身体不适，在等新船员的时候要配合航空班机时间。“托马斯”号今年已第4次来高雄港，目的都是补给。

严德发说，“托马斯”号实际上是科学研究船，目前由美国华盛顿大学使用，完全是民间性质的学术研究，不能解读与美国“国防授权法案”有关，学术研究一直都在做。

对于“托马斯”号此时来台，是否与日前CNN报道指出的那样与美军将在南海、台海周边展示军力有关。严德发则表示没有关联。稍早台湾地区防务部门发言人陈中吉也受访表示，“托马斯”号来台是跟台湾大学海洋研究所、大气科学系的合作研究，主要是针对区域周边，特别是海洋动态，收集相关数据，这个计划台湾大学在2017年就已公布在网上，外界的揣测都是多余的，这是非常单纯的科学研究计划。他说，有关船舶停靠的动态，台湾地区防务部门都有掌握。

另据台湾《自由时报》10月16日报道，前台军“新江”舰舰长吕礼诗在社交媒体披露相关消息时表示，“托马斯”号由美国华盛顿大学国家海洋实验室使用，并具遥控水下载具及自主式水下载具，可测量盐度、温度、压力和化学性质等水文资料。预计其下个目的地为澳大利亚弗里曼特尔港。如途中需整补，也可南下至菲律宾，目前选择在高雄港停泊，其象征意义值得观察。

吕礼诗受访时分析，虽单纯就该舰停泊而言，本身意义并不算特殊，但在此时间来，会有许多遐想空间。首先，美军航母可能于10月在东亚一带活动的传闻传出后，高雄港外海为台军方时常演习的“反潜第六区”，平均水深约500米，最深约1000米左右，为反潜操演适合地点，假如美国航母有意自台海通过，也可能在现有资料基础上，进一步确认水下水文。

大陆国台办发言人马晓光10月17日在回应美海军舰船停靠高雄港时表示：“我们已经注意到有关报道，我们坚决反对美方与台湾地区进行任何形式的官方往来和军事联系，这一立场是一贯的，也是明确的。”